In realtà, già attorno al 1640 alcuni filosofi avevano iniziato ad incontrarsi per discutere della nuova filosofia di promozione della conoscenza del mondo naturale attraverso l’osservazione e la sperimentazione. In pratica, si cominciavano a gettare le basi di quella che oggi chiamiamo ‘scienza’, partendo dagli studi già avviati da Sir Francis Bacon (Londra, 22 gennaio 1561 – Londra, 9 aprile 1626) e dalle influenze dell’Italia rinascimentale.

Il gruppo che fondò l’accademia, oltre a Sir Christopher Wren, comprendeva anche Robert Boyle, John Wilkins, Sir Robert Moray ed il Visconte William Brouncher.

Durante gli incontri settimanali, si discutevano temi ‘scientifici’ e si portavano testimonianze degli esprimenti effettuati. Il primo a ricoprire la carica di ‘Curatore degli Esperimenti’ fu Robert Hooke. Fu Moray invece che parlò al re Carlo II di questa iniziativa e si assicurò l’appoggio e l’incoraggiamento da parte della Corona.

La prima volta che apparve per iscritto il nome “The Royal Society” fu nel 1661, e nella seconda Carta Reale del 1663 ci si riferisce ad essa con il nome di “The Royal Society of London for Improving Natural Knowledge” (la Società Reale di Londra per migliorare la conoscenza della natura).

La sede fu stabilita presso il Gresham College, e presto cominciò ad avere anche una biblioteca (nel 1661 fu presentato il primo volume), ed una specie di museo con tutti gli strumenti di interesse scientifico.
Dopo il Grande Incendio di Londra del 1666 per alcuni anni la sede fu spostata ad Arundel House, la residenza londinese del Duca di Norfolk. Ma fu solo nel 1710, sotto la presidenza di Isaac Newton, che la Royal Society ebbe la sua vera sede in due edifici di Crane Court, nei pressi dello Strand.

Nel 1662, con un decreto della Carte Reale, fu permesso alla Royal Society di pubblicare: i primi due libri furono di John Evelin (“Sylva”) e di Robert Hooke (“Micrographia”). Nel 1665 fu pubblicato da Henry Oldenbourg, Segretario della Royal Society, il primo saggio di “Transazioni Filosofiche”, che è tuttora il più antico manifesto scientifico in continuo aggiornamento.

All’inizio i membri della Royal Society dovevano essere scelti, ma non erano richiesti particolari requisiti, né conoscenze professionali e scientifiche, ed i criteri di ammissione erano molto generici. Nel 1731 una nuova regola stabilì che ogni candidato all’elezione dovesse essere proposto in un documento scritto. Tale documento doveva essere poi firmato da tutti i membri che erano d’accordo alla candidatura. Questi certificati sono ancora oggi delle preziose testimonianze, perché vi sono riportate le motivazioni della scelta di un candidato ed i rapporti tra i membri dell’accademia.

Nel 1780 la Royal Society spostò la sede a Somerset House, messa a disposizione dal Re, grazie all’intervento di Sir Joseph Banks, che fu presidente dal 1778 al 1820. Banks favorì le candidature sia di scienziati che di amanti della scienza, affinché questi ultimi diventassero in qualche modo mecenati dei primi. Questo genere di rapporto tra i membri dell’accademia diventò sempre meno popolare, e nel 1847 la Royal Society prese la decisione di eleggere i propri membri esclusivamente in base al merito del lavoro scientifico svolto. In questo modo non si trattava più di un circolo di letterati, ma di una vera e propria accademia di scienziati.

Nel 1850 il governo inglese riconobbe il merito della Royal Society e stanziò un contributo di £ 1,000 per aiutare gli scienziati. In seguito, fu istituito un vero e proprio Fondo governativo per la ricerca scientifica, che esiste ancora oggi e permette alla Royal Society di continuare a svolgere autonomamente il proprio ruolo.

Nel 1857 la sede fu spostata a Burlington House, a Piccadilly. Ma con il passare del tempo, l’accademia cresceva, i suoi membri aumentavano, e venne a mancare lo spazio. Così nel 1967 la sede si spostò a Carlton House Terrace, dove si trova attualmente.

Nel 2010 la Royal Society ha acquistato Chicheley Hall nel Buckinghamshire, che è stato trasformato in un centro di studi per conferenze internazionali e studi più approfonditi: ‘The Royal Society at Chicheley Hall’, sede del ‘Kavli Royal Society International Centre’.

Tra i suoi membri, oltre a Sir Christopher Wren, scienziato e famoso architetto (ebbe un ruolo fondamentale nella ricostruzione di Londra dopo l’incendio del 1666), Robert Boyle, John Evelyn, Robert Hooke, William Petty, John Wallis, John Aubrey, Thomas Browne, John Wilkins, John Locke, Thomas Willis, Jean Chardin. E poi, il già citato Sir Joseph Banks, Isaac Newton, Gottfried Wilhelm von Leibniz e Charles Babbage.
I più famosi tra i contemporanei sono il fisico Stephen Hawking, ed il Premio Nobel italiano Rita Levi Montalcini.

Dal 2009, anno in cui ricorrevano i 350 anni dalla fondazione, la Royal Society ha aperto i propri archivi mettendoli online.

Il motto dell’accademia è “nullius in verba” (‘niente nelle parole’ – frase latina usata da Orazio nelle “Epistulae”) : un appello a resistere al dominio di qualsiasi autorità e a verificare ogni dichiarazione attraverso degli esperimenti che mostrino fatti, in maniera scientifica.